朝日寺は平安時代末期に源頼朝の命を受け、平家討伐の為に木曽義仲が上洛の際に無事を祈る祈願処として木曽福島に建立されたのが始まりとされています。義仲は正妻として知られている巴御前と共に上洛しますが、討死にしてしまいます。巴御前は「私亡きあとは一族を引き連れて落ち延び、菩提を弔ってほしい。」という義仲の遺言に従い、家老の郷一郎兵衛一族と共に頼朝の追撃を避け落ちのびました。頼朝の追討をさけるため北上し最後に落ち着いたのが朝日の地と言い伝えられています。
　元々は天台宗でしたが、1468年に曹洞宗に改宗しました。曹洞宗としての朝日寺開山は阿賀野市草水の観音寺2世である樹山庭柏和尚です。
上杉謙信公は兜守三尊を寺に寄進し、熊野三社としてお堂を建立、広大な寺領を寄進し、朝日寺の礎を確立したと言い伝えられています。
　慶長元（1596）年と寛政4（1792）年に二度の火事に見舞われ、本堂が焼失しました。現在の本堂は十九世一旴本丈和尚によって寛政10（1798）年に建立されました。